Rzeka Missouri posiada wiele dopływów, a sama jest dopływem rzeki Mississipi. Rzeka Jefferson przepływa przez stan Montana i osiąga długość 124 kilometry. Swój początek ma z połączenia dwóch rzek: Beaverhead oraz Big Hole. Rzeka ta łącząc się z Madison oraz Gallatin tworzy początek rzeki Missouri. Rzeka Madison przepływa przez dwa stany: Wyoming oraz Montana w Stanach Zjednoczonych. Jej długość wynosi 295 kilometrów. Swój początek ma w miejscu połączenia się dwóch rzek: Firehole oraz Gibbon w Parku Yellowstone. Rzeka Gallatin przepływa również przez stany Wyoming oraz Montana, ale jej długość wynosi 193 kilometry. Swoje źródło ma w Parku Yellowstone w północno- wschodniej części stanu Wyoming. Dopływem Missouri jest także rzeka Milk. Rzeka ta płynie na terenie Stanów Zjednoczonych i Kanady. Jej długość wynosi 1170 kilometrów. Swoje źródła posiada w Górach Skalistych. Rzekę tą wykorzystuje się do nawadniania. Jej głównymi dopływami są: Big Sandy Creek, Battle Creek oraz Redwater. Główne miasta nad tą rzeką to Milk River, Chinook, Malta oraz Glasgow. Rzeka Yellowstone jest prawym dopływem Missouri. Jej długość wynosi 1080 kilometrów. Rzeka ta przepływa przez zachodnią część Stanów Zjednoczonych. Jej nazwa związana jest z żółtymi skałami, które znajdują się na brzegach tej rzeki. Źródła tej rzeki znajdują się w północno- zachodnich rejonach stanu Wyoming przy dziale wodnym w Górach Skalistych. Rzeka ta płynie w kierunku północnym. Rzeka płynie przez Park Yellowstone, przez Jezioro Yellowstone, tworzy Wodospady Yellowstone oraz Wielki Kanion Yellowstone.